لقد تعرضت الإسكندرية لحالة من الفوضى والاضطراب فى أعقاب خروج الحملة الفرنسية سنة .1801 و عندما سلم الباب العالى بتعين محمد على باشا على مصر ظل حريصاً على استبقاء الإسكندرية معقلاً للنفوذ العثمانى فى مصر .
ورغم خضوع الإسكندرية لإشراف الباب العالى مباشرة فإن ذلك لم ينف حقيقة تثبيت محمد على فى حكم مصر مع ميوله الفرنسية ، وهو الأمر الذى يهدد مصالح بريطانيا وقد دفع هذا الأمر بريطانيا إلى أرسال حملة إلى الإسكندرية وفى 20 مارس 1807 استسلم حاكمها أمين أغا وفى صبيحة يوم 20 سبتمبر 1807 دخل محمد على الإسكندرية على رأس ألفين من جنده وقد ترتب على جلاء الإنجليز أن غادرها كثير من أولئك الذين اعتقدوا أنهم صاروا موضع كراهية عظيمة بسبب صداقتهم ومعاونتهم للإنجليز .