​تمتد المرحلة الأولى من مترو الإسكندرية بطول إجمالي يصل إلى 21.7 كم، لتربط بين محطة سكة حديد أبو قير ومحطة مصر بالإسكندرية. ينقسم مسار هذه المرحلة إلى: ​مسار سطحي: بطول 6.5 كم، يبدأ من محطة مصر وصولاً إلى ما قبل محطة الظاهرية. ​مسار علوي: بطول 15.2 كم، يمتد حتى محطة أبو قير. ​المحطات: يضم المشروع في هذه المرحلة 20 محطة (6 محطات سطحية، و14 محطة علوية). ​المرحلة الثانية: التوسع نحو الكيلومتر 21 ​تخضع المرحلة الثانية حالياً للدراسات الفنية، وهي تمتد من بعد محطة الظاهرية وصولاً إلى الكيلومتر 21 عبر طريق (الإسكندرية/مطروح). يبلغ طول هذا القطاع 31 كم، ويتنوع مساره بين المسارات العلوية والسطحية داخل حرم السكة الحديد. ومن المقرر أن تضم هذه المرحلة 22 محطة، مع الاعتماد على مسارات تقلل الحاجة إلى نزع ملكية الأراضي. ​المرحلة الثالثة: الربط بمطار برج العرب والقطار السريع ​تستهدف دراسات المرحلة الثالثة مد الخط من الكيلومتر 21 وحتى مطار برج العرب، بهدف ربط مدينة الإسكندرية بالمطار وتسهيل حركة المسافرين. كما سيحقق هذا المشروع تكاملاً في منظومة النقل من خلال تبادل خدمة نقل الركاب مع الخط الأول من شبكة القطار الكهربائي السريع في "محطة برج العرب"، مما يجعله شرياناً حيوياً يربط أطراف المدينة بالمشروعات القومية الكبرى.